九月三十日——季节变化终于来临的学园都市。
精英大小姐学校·常盘台中学的等级5超能力者御坂美琴无视于周遭忙碌的气氛，站在音乐厅前的广场。
她正在等人。
但是，
“……没来。”
应该接受惩罚游戏的“那个少年”却没出现。美琴叹着气，抱着扁扁的书包跟小提琴盒一直等着那家伙到来——
当上条当麻与御坂美琴交会时，有关惩罚游戏的学园爱情故事会就此展开！？