臭氧除臭原理实际上跟臭氧杀菌机理一样的，都是利用臭氧具有的强氧化性这一特性。污染废气的主要成分是污染气体废气的主要成分为氨、硫化氢、硫醇、硫醚、酚、胺类、酰胺、吲哚、烷烃、烯烃、炔烃、芳香烃、醇、醛、酮以及有机酸类有机物（VOC）、无机物,其中氨的量最大,其次是硫化氢(硫化氢是恶臭味的主要成分)。臭氧通过破坏其产生恶臭的主要分子结构，生成无毒无味的物质。臭氧分解过程中产生的发生期氧（初生氧）具有强大的氧化作用，所以对有机性污染物质在分解中产生的臭味、混合恶毒气体等都能在短时间内产生分解作用而成为安定无臭的空气。
因为臭氧除臭是依靠高浓度的臭氧气体和产生异味臭味的物质反应，而制取臭氧是直接利用空气为原料，再用高压电击来产生的，所以使用臭氧除臭的成本极低。有些除臭使用一些除臭液，但是都是消耗品，长期使用成本非常高。所以臭氧除臭相比其他除臭方法有更高效、更彻底、成本更低等优势。