目前，世界各国在水处理实践中，普遍存在于藻类问题，藻类含量高时会影响混凝和沉淀，增加混凝剂量；堵塞滤池，缩短滤池过滤周期；致臭并产生藻毒素，和氯作用形成氯化消毒副产物，降低饮用水安全性。
臭氧发生器处理作用之一是溶裂藻细胞，二是杀藻，使死亡的藻类易于被后续工艺去除。臭氧发生器可作为除藻的一种预处理设备，它和常规处理及其它技术配合使用，是处理富营养化水源水藻类问题的有效途径之一。藻毒素正成为藻类污染的另一重点，在一定条件下，臭氧发生器可有效去除某些藻毒素，具体去除率主要取决于臭氧投加量，其次取决于原水水质(藻毒素类型、有机物性质及浓度、碱度等)。
在使用臭氧发生器处理含藻类的水之后，测试结果表明，利用臭氧发生器处理30分钟，含40－50万个/ml单胞藻及原生动物的海水以后，再用显微镜观察，发现其所有的原生动植物呈爆炸性死亡。把经过水处理臭氧机处理的海水继续培养两个星期以后，检验测时，仍未发现任何生物，且水质清澈透明。取赤潮海水，进行30分钟臭氧处理后，红色赤潮海水被氧化变为白色透明，水中夜光虫全部被杀死，且呈粉碎状。