飞秒手术改变了角膜的整体结构，对角膜基质层的切削，会大大削弱角膜的生物强度，使角膜的生物力学性质发生改变。
研究表明，角膜屈光手术后的眼压测量值（非接触式眼压计）较正常人低 3.5 mm Hg，其他生物力学的指标也明显低于正常人，使角膜抵抗外力的能力明显降低。

另外，目前的角膜屈光手术多在年轻健康角膜上进行，尽管手术后早期即有角膜结构的改变，可能出现角膜暂时性向前膨隆，但由于角膜基质中胶原纤维直径高度一致，排列精密，前基质相对致密，后基质相对薄弱，手术切削的主要部位在前部基质，发生角膜圆锥的比例极少。

但随着患者年龄增加，角膜中的胶原会不断沉积导致胶原纤维横断面积增加，同时人体内的蛋白质糖化产物也会在角膜胶原分子间不断沉积，引起胶原重构，角膜变硬，角膜脆弱渐薄，其生物力学特性也将随之改变。这种潜在风险大大降低了手术的安全性。

为了尽量避免和减少术后远期风险，可以从以下几个方面进行预防：
（1） 手术中尽量减少角膜组织切削，兼顾切削半径与切削深度的同时尽量减小切削比值，避免过度考虑术后眩光而不惜过多的切削角膜组织，角膜后基质抗外力能力远低于前基质，破坏深层角膜结构，角膜膨隆和远期圆锥角膜的危险增加；
（2）不易过度矫正屈光度数，尽量保留角膜组织；
（3）严格掌握手术适应证，角膜过薄者可以考虑眼内屈光手术。