首套房贷款没有还清的情况下，是可以申请第二套贷款的的。但是也只限商业贷款，首套房若是公积金贷款未清，那么二套房是不能继续使用公积金贷款的。另外在首套房贷款未还清的情况下，二套房贷款的首付以及贷款利率都会有所增加。一般情况下，要求二套房首付比例不低于房款总额的60%，而贷款利率则不得低于中国人民银行同期同档次基准利率的1.1倍。
另外若是首套房是商业贷款未还清，那么二套房是可以办理公积金贷款的，但是前提是首套房的建筑面积小于144平。