1、苗黄苗弱
玉米秸秆还田后，秸秆中的养分不能直接被作物吸收利用，必须经过微生物的分解。适宜土壤微生物活动的碳氮比为25∶1至30∶1，而玉米秸秆的碳氮比为80∶1至100∶1，如果土壤中氮素不足，就会导致微生物和小麦争氮，小麦从而因缺氮出现苗黄、苗弱现象。
2、缺苗断垄
大量玉米秸秆还田，使土壤变得疏松和空隙增大，失墒较快，种子与土壤难以紧密接触，影响种子发芽出苗，田间出苗常不整齐，容易出现缺苗断垄现象。
3、病虫危害
玉米秸秆上往往带有大量病菌和虫卵，在秸秆直接粉碎过程中无法将其杀死，还田后留在土壤里，农田病虫害特别是地下害虫有逐年加重的趋势，危害小麦正正常生长。
鉴于今年年份特殊，天气异常，病虫害发生严重，建议，在玉米收获后一定要做到以下几点：杜绝病、虫安全越冬！
1、土壤处理
玉米收获后田间会裸露大量秸秆，秸秆中会潜伏大量的病菌和残虫，可以在秸秆还田前喷一遍药，使用辛硫磷或毒.辛乳油亩用100毫升＋多菌灵100克兑水30-60斤均匀喷施地表杀灭大部分潜伏的病菌及害虫。
2、增施氮肥配合杀虫颗粒剂
秸秆还田的小麦基肥要增施氮肥，选用氮含量稍高一点的小麦复合肥做底肥；也可在小麦正常施肥的基础上，增施尿素5~7.5公斤，以满足小麦及微生物对养分的需求，并加快秸秆分解腐烂。配合杀虫颗粒剂可以预防地下害虫及小麦蚜虫。推荐使用暗刀。
3、秸秆切碎
切记多切两遍秆，玉米秸秆粉碎长度掌握在3-5cm为宜，以免秸秆过长土压不实，影响作物出苗和生长。让秸秆破碎更均匀，让越冬病菌和害虫无处藏身，秸秆破碎均匀更有利于小麦出苗。秸秆粉碎后被均匀撒在田地之中，此时要尽快将秸秆翻耕入土，深度一般要求20-30cm，最好是边收边耕埋，达到粉碎秸秆与土壤充分混合，地面无明显粉碎秸秆堆积，以利于秸秆腐熟分解和保证小麦种子发芽出苗。
4、提高土壤墒情
土壤水分状况是决定秸秆腐解速度的重要因素，因为秸秆分解依靠的是土壤中的微生物，而微生物生存繁殖要有合适的土壤墒情。若土壤过干，会严重影响土壤微生物的繁殖，减缓秸秆分解的速度，故应及时浇水，生产上一般采取边收割边粉碎，特别是玉米秸秆，因收割时玉米秸秆水分含量较多，及时翻埋有利于腐解。
5、拌种
小麦种子包衣拌种，今年小麦切记、一定要拌种，今年繁育小麦种收获时遇阴雨天气，种传病害将会严重发生，拌种可以有效杜绝种传及土传性病害发生，同时防控部分地下害虫及蚜虫，还有促进生根、壮苗、抗冻的功效。推荐使用科拌240®、拌田乐®（待上市）拌种。