每年在9月底10月初，是小龙虾塘口进行清塘的时间。清塘是养殖系统启动的首个重要环节，清塘不彻底会埋下养殖隐患，容易酿成小龙虾规格小、产量低、品质差的后果，在养殖高峰期也非常容易导致水质、底质的恶化以及清塘药物的残留对小龙虾造成巨大的伤害，甚至 清除不彻底或药残过大也是导致小龙虾“五月瘟”的重要原因之一。
清塘可以分为两类：一类是清除底部淤泥，清出残留聚积的淤泥、残饵、粪便、动物尸体等有机质，但对塘底清淤一般不可过重，一般会保留10~15公分的淤泥，再使用生石灰或漂白粉全塘泼洒，晒塘5~7天。一类是不清淤，直接使用生石灰晒塘晒至5~7天，让塘底龟裂，杀灭底泥中的细菌、病毒、寄生虫及虫卵和青苔孢子。
清塘不彻底，聚积在塘底的有机质会在来年温度升高时产生氨氮、亚盐、硫化氢、重金属、甲烷等有毒害物质，同时过多的有机质也可成为病毒、细菌、寄生虫等病原的温床，常常会导致放苗后发损苗率增加、脱壳不遂、感染弧菌等现象，降低虾苗免疫力和成活率，甚至影响中后期的健康养殖，导致虾的伤亡。
清淤过程中会使用到漂白粉、强氯精等含氯消毒剂或农药，因水温低，很多药物残留在淤泥中，毒性不易挥发，随着温度升高残毒逐步向池塘水体扩散，使肥水困难、虾苗中毒、应激等，导致虾苗成活率低，免疫力低，增加了发病的风险。
所以在清塘过程中不易过量使用消毒杀菌剂，不要使用违禁药品清塘，要根据池塘土壤性质、池塘特点、养殖模式严格健康清塘。