南京市中小企业协会于2006年8月正式成立，是南京市最早的社团法人之一。协会是以南京市区域内的中小企业自愿组成的地方性、综合性和非营利性的社会团体，经南京市民政局核准并登记注册，具有独立法人资格，上级主管部门是南京市工业和信息化局。会员由不同行业的中小企业和为中小企业服务的中介机构组成，是南京市民政局评定的5A级社团组织，南京市工业和信息化局评定的南京市中小企业公共服务平台。
协会以全心全意为会员及广大中小企业服务为宗旨，努力发挥政府与企业之间的桥梁作用，为中小企业健康发展营造良好的社会环境。自成立以来，围绕提升中小企业竞争能力和自主创新能力、提高中小企业家素质和经营管理水平、维护中小企业和企业家合法权益、反映中小企业的建议和要求而开展各项活动，提供政策推送、企业培训、管理咨询、技术创新、信息交流、经贸考察、市场开拓、融资服务、企业维权等服务。