中国科学院和中国工程院由于所属领域不同，导致它们任务和目标也是不一样的。科学院主要是做基础理论研究，在理论上做出创新与突破。工程院则可以理解为以前者的理论研究为依据去做实践应用。
中国科学院成立于1949年，这时还没有工程院。直到1994年，中国科学院技术科学部从中科院分离出去，成立了现在的中国工程院。
中国科学院有庞大的科研实体机构，还拥有4个国家实验室、85个国家重点实验室和153个中国科学院重点实验室，除此以外还创有三所大学，分为别中国科学技术大学、中国科学院大学和上海科技大学。而中国工程院则相对显得比较虚化，它没有分院、研究所、附属大学，而是由机关、学部、咨询机构等组成。
两者所属领域不同，培养的人才也是不同的，科学院培养的可以称为科学家，后者可看成是工程师。因为标准不同，所以没有放在一起评比的必要，二者都代表了中国科学技术的最高领域。