粪菌移植是目前治疗艰难梭菌感染最有效的手段，也用于治疗肠内和肠外疾病，如肠易激综合征、慢性便秘/腹泻、溃疡性结肠炎、克罗恩病、自闭症、抑郁、帕金森、肥胖、脂肪肝、糖尿病等。
便秘：
部分人出现便秘与器质性疾病无关，并且便秘会出现反复发作，对于便秘程度严重、反复发作的患者可以进行粪菌移植治疗。
肠易激综合征：
肠易激综合征的发病与多种因素有关，有不少人是肠道菌群失衡引起的，对肠易激综合征患者进行粪菌移植有不错的改善效果。
溃疡性结肠炎：
溃疡性结肠炎是结肠黏膜存在溃疡面导致的，与肠道菌群失衡有关，也可以使用粪菌移植进行改善。
克罗恩病：
克罗恩病是一种发病原因不明、治疗难度比较大的疾病，通过粪菌移植也可以有效改善病情。
自闭症：
不少儿童会患有自闭症，进行粪菌移植治疗后自闭症也可以得到改善，也可以用于治疗儿童自闭症。
粪菌移植主要是提取健康人粪便中的正常菌群，然后移植患者的肠道中，增强肠道中有益菌的生存，提高肠道免疫力，可以调节肠道菌群失衡，重建具有正常功能的肠道微生态系统，达到对肠内、肠外相关疾病的治疗。