1941年6月22日，德国撕毁《苏德互不侵犯条约》，对苏联展开“巴巴罗萨”行动。由于没有做好防备，苏军迅速溃败。

游戏《游击队1941》的故事背景，就是发生在苏联卫国战争的开端。主角佐林，是一名被德军俘虏的苏联军官，被处以枪决时，由于敌方步枪卡壳，得以逃生。并救下了一名工人，以及一名当地少年。
因为德军挺进速度较快，佐林很难再回到军队中。再加上当地平民，正处在水深火热中。佐林决定，由三人组成游击队，在敌人后方建立根据地，解放平民，打击德军。
1941年7月18日，联共中央做出《关于组织敌后斗争的决定》，斯大林号召“遍地燃起游击战争的烽火”。游击队主要负责小规模的骚扰作战，打击补给线，破坏铁路等。得益于苏联幅员辽阔，战线纵深长，游击队在战场上，发挥出不错的效果。