为什么留级后办理过免修的课程，第二次又出现了一个挂科记录？

当年大二留级到大一的时候，给军训办了免修，在学院，教科办老师当面亲自给我删除的课程，结果最后成绩统计的时候留级前的免修课程在，但是又多了一个留级后的该课程的缺席记录，还显示挂科不及格，而且还不是第一时间显示的，是在两年后查到的，当时以为是显示错误，结果现在快毕业了，这个课的不及格记录还在，这是什么情况？该怎么处理？