和世界上不少其他国家一样，中华文明起源时，从原始社会末期，在国家开始形成的过程中，政治权力机构主要分为两大系统，即巫官系统和政务/军事系统。
所谓“国之大事，在祀与戎”（《左传·成公十三年》），在对天命有着深刻敬畏的先民看来，祭祀与征战是国家头等大事，负责二者的职官都占有非常重要的位置。
组成巫官系统的主要是巫觇，他们是史官的渊源，后来也和史官有着密切的关系。不少人可能都知道，在古代包括现代的一些原始部落中，巫师的地位是很高的，他们往往是部落中最博学的人，负责祭祀占卜治病答疑解惑等，是整个部落的精神领袖。
在远古时代，巫师一般就是为本部落所用，而且这些人本身也往往兼掌神职与世俗的权力，所谓“民神杂糅，不可方物，夫人作享，家为巫史”。各家都有各家的神仙和“大师”，没有一个统一说法。而随着社会的进步，国家政权的形成，这方面的分工变得明确化与官方化。

“乃命南正重司天以属神，命火正黎司地以属民，使复旧常，无相侵渎，是谓绝地天通。——《国语》”，在宗教事务上，民众不再能够任意与神沟通，解释上天的意志，解释权被官方所垄断，而掌管这一块职责的便是“司天”的天官，也就是后来的史官。

巫与史都参与宗教活动，不少学者认为史官是后来从巫官中分离出来的，史官的职责更侧重于记载，他们最初记录占卜、祭祀、天象等宗教活动，后来随着社会的发展和复杂化，人们对前人往事对现实政治的借鉴意义越来越看重，于是史官记载的内容日趋丰富，逐渐开始记录王室贵族言行、国家大事等，史官也因此而诞生。
虽然如今的殷商甲骨文记载的内容以卜辞为主，但根据对商代墓葬的考古发现，以及先秦典籍的一些记载称述，例如“睢殷先人，有册有典”（《书·多士》），“（上古先贤）以其所书于竹帛，镂于金石，琢于椠盂，传于后世子孙者知之。”（《墨子·尚贤》）等，以及甲骨文“册”与“史”的形态均含竹简之象形，有学者认为可能早在商朝时，用毛笔书写于缣帛、竹简的做法就已经存在，而这些书写材料能够记载比甲骨和铜器铭文更为丰富详实的内容，它们或许正是上古时期史官所制作的典册，他们所书写的档案内容得到传述，成为后人了解上古史的重要史料来源之一。

以前上专业课的时候听讲过史官的起源，大部分说法都跟楼主前面说的一样。在上古时代，“史”跟“巫”不分，人类敬仰鬼神，“巫”作为人类跟神灵沟通的使者，地位尊崇，而占卜需要把卜辞记载在甲骨上，这是历史学最早的起源。因此早期历史学也带有浓厚神话色彩。后来随着社会的发展，人治逐渐取代了神权统治，史官这一职业也开始世俗化，其职责逐渐演变成对当时社会重大历史事件的记述，在这世俗化进程过程中，史官的地位逐渐衰微。
从现在能看到的典籍来看，先秦的史官很像新闻记者兼会务秘书。平时负责记载社会上发生的大事，朝会时可能还要负责做会议记录。记录的内容大都是当代史，如《春秋》一般言简意赅。即便有《左传》之类的著作，那也是以史注经，就事论事，很少去挖掘单独历史事件背后的逻辑。西汉的太史令掌“文星史历”，“史”只是其中一个方面。东汉出现兰台令史、著作郎之后，太史令更多成为天文历法的主管官员。
这里不由得想扯一点题外话。虽然古语有云“《春秋》出而乱臣贼子惧”，窃以为那不过是古代文人自抬身价的说辞罢了。春秋时代已经礼崩乐坏，战国争霸有过之而无不及，那些君主权臣何惧之有？由此看来，说汉武帝忌恨太史公如实记载了当时的历史，特别是皇家的秘事，所以故意借李陵事件摧残他，不过也是后人的想象罢了。太史公并非奉旨著史，汉武帝估计也没那兴趣去了解一个外朝小官业余时间在干什么。按照他的职责权限，“如实记录”应该是在外朝朝议的时候所做的会议记录。会议记录不如实记难道还现场编不成？而且“侧下大夫之列”、“陪外廷末议”的太史令又是如何知道那些皇家那些隐私的？虽然过去大家都这么说，然细想来好多细节都经不起推敲。

@zacaoqiuhu 所谓“侧下大夫之列”，“陪外廷末议”可能是子长的自谦之辞，仔细想一想，一个真的没有存在感的小官，武帝在李陵事件这种和太史令值守八竿子打不着的事情召问他，不有些奇怪吗？为什么他一开口，武帝就怀疑他在暗讽贰师将军？就不用说他后来任中书令的事情。其间已经湮没的历史细节，仔细思考起来其实颇为微妙。

@zacaoqiuhu 虽然我个人不太倾向于太史公亲身卷入政治甚至党争的说法，但是史书的种种迹象显示，他对时局和政治确实是一直有密切关注的，并且掌握了庞大的信息库，累积他书写当代史的素材来源，而且他不仅知政还参与议政，所谓“陪外廷末议”，恐怕不只是真的偶尔打酱油凑数而已，这句话或许是在暗示他曾有议论政治的习惯，《史记》也记载了他和一些官员的交往。刘彻闻其辩解而发怒，应该不是偶然事件。另外一个完全脱离于政治的纯粹史官，显然也不是中书令的合格人选，要知道后来石显那些人，是因为““久典枢机，明习文法”“明习法令故事，善为请奏”，而得以在中书官序列里累积升迁的，司马迁本人显然并没有多少在宦官队伍里积极改造学习，向上“奋斗”的动力，但却能坐到这个位置上。

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懒熊
《史记》《汉书》不记载刘据生平确实有些奇怪，但也有一定的道理。《史记》的下限是到汉武帝太初年间，那会刘据年纪尚轻（到太初四年刘据也才28岁），可能还没有在当时重大历史事件中唱主角，所以太史公就没有提。《汉书》一向为尊者讳，刘据一案若认定汉武帝逼杀无辜儿子，那无异否认汉武帝是明君；若说刘据谋逆，那等于在质疑汉宣帝登基的合理性。左右为难，不如不提。
只是，不记载只能说明事情存疑，不是一定没有。易储是大事，尤其刘据还是成年多年的嫡长子，没有充足理由不能随便废立。能让皇帝动易储心思的，要么刘据能力品行太差，另有比他好太多的人选；要么就是政见不合，小人伺机而动。前者应该不太可能，刘据如果品行有严重问题，《史记》《汉书》不愿正面记载，其他传记中也会有所描述。虽然刘弗陵看上去好像是刘据的竞争对手，但刘弗陵不过六岁小儿，母家卑微，朝中并无势力支持，汉武帝为何要放弃成年皇子选他？李广利为何不支持自己亲外甥，要支持别的皇子？当然，汉武帝也可以抬举刘髆，但是李广利是第二个卫青吗？比较合理的解释是，刘据与汉武帝政见有出入，本人心机城府又不够，凡事表露太明显，被小人钻了空子。

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懒熊
太史公一生主要担任过两个官职：太史令和中书令。就搜集资料而言，掌管机要档案的中书令当然有很多便捷条件，可是在任职太史令期间，那些皇家秘事他又是从何得知的？太史公绝对不是那种八面玲珑善于逢迎之人，官场上很多事又是看破不说破，谁会告诉他那么多？楼主的疑问，我也有。

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懒熊
个人猜测一下吧。武帝为刘据建了“博望苑”，允许他招纳贤良，太史公学名在外，可能刘据确实以询问历史掌故的由头请他去参加过他们的学术会。一群人谈古论今间，既会聊过去，也会谈当下，确实为太史公提供了不少信息素材。也许太史公也是在这样的闲谈中获得李陵军中信息的。可能太史公觉得只是纯学术交流，但是汉武帝肯定不会那么想，他只会觉得刘据在搞小圈子，暗中谋划对付自己。如果皇帝一直派人盯着刘据的一举一动，自然也知道太史公他们同情李陵的事情。朝堂上的突然发问也就不难解释了。
关于李陵一案，汉武帝要在朝堂上搞平衡，战事失利的锅只能李陵来背。但是就当时局势来说，汉武帝应该也不想把李陵逼上绝路。在舆论一边倒的时候，他让太史公发言，其实就想听反对意见，然后找个由头借坡下驴。只是太史公出于激愤，无意中把军报的信息说出来了，又扯上了李广利，这件事由单纯的战争失利变成了由立储引发的党争，无意间还在提醒皇帝自己的儿子在拉拢朝臣搞串联，一下子就戳中了皇帝的痛点。
皇帝要杀鸡儆猴，太史公是不是刘据的人就不重要了。当然也绝对不会有人敢求情。

@懒熊:
讲真，李陵根本背不了李广利失利那口巨大的黑锅。当时对匈作战都是依靠骑兵，李陵带的却是步兵。而且这5000步兵还不是皇帝调拨的正规军。按理，皇帝对这支部队不过报的是“让年轻人闯闯也好”的心态。赢了固然好，输了也在承受范围内。这支部队既不是主力，又不是精锐，更没承担主要作战任务，换句话说，李陵部队的胜败，根本不足以左右战局。而且连司马都知道的军中细节，刘老板只会知道更多——李陵已经尽力了。
李广利一派可能是希望从严从重处罚李陵，因为可以借着这个由头混淆视听，趁机转移矛盾。但是，皇帝留着李广利、想尽办法给他挣军功是为了牵制卫氏家族，对李陵处罚过重，一则会动摇本已不稳的军心，二来也把李广利在军中的人缘全给败光了。人跟着卫青能封侯，跟着李大傻有什么？于情于理，汉武帝对李陵的真是态度怕是想的是小杖受大杖走，态度严厉，但还是给他留一线生机。
基于这种考虑，他突然发问司马绝对不会是想“引蛇出洞”（这不是他当前重点，想收拾司马机会多的是，他这会不会让小事来坏他的大事），更多还是因为司马是史官，代表的是一种客观立场。只要司马带头发声不赞成，刘老板就好借题发挥了。如果司马说的只是“李陵没有什么作战经验，又是以少击多，打成这样不容易了”，抑或“李陵投降是不光彩，但也已经尽力了，现在军中士气低迷，过分苛求会动摇军心”之类的话，我想刘老板会采纳他的主张。但是看《报任安书》“今举事一不当，而全躯保妻子之臣随而媒孽其短，仆诚私心痛之”，我估计司马在激愤之下肯定也说了比较尖锐的话，再被李广利一派大臣一挑拨，说不定气急败坏之下拿李大傻跟李陵作比较，最后成了老板眼里的“沮贰师，而为李陵游说”。

@zacaoqiuhu 李陵战败即使过错方主要不是他，那至少也得先骂他两句。“君不密则失臣，臣不密则失身”， 司马迁的失策在于态度倾向过于一边倒而不够周全转圆，即使他的看法本身没有毛病，在当时那个环境下也是政/治很不正确的，容易成为众矢之的，并且会招惹上结党偏袒的嫌疑。更何况刘彻心里估计还记着司马迁的旧账，或许他还会想：“你一次次否定和指责我，却为那叛贼如此用心尽力，情深意切，是何居心？”《春秋公羊传注疏》有一句：“汉主谓司马迁云：李陵非汝同门之朋，同志之友乎？”如果他知道这个人和司马迁连朋友关系都不是，没准会更生气了呢。

@zacaoqiuhu 司马迁本来没有什么从政经验，也不是世家贵戚，个人能量十分有限，再加上他在李陵事件中显而易见的意气用事和政治不成熟，一看就不是那种心怀鬼胎的那官场老江湖，但偏偏他又是一个很有才能的人，所以刘彻有信心也有兴趣去掌控他。不过接下来的疑问就是，中书令这个职务需要的不仅是文才，还有处理政务的经验和敏锐的政治嗅觉，还要善于察言观色，揣测人主的想法，而这似乎都是太史公前期的短板，不知道刘彻用他的时候是如何考虑权衡的？而且，从《报任书》的叙述来看，司马迁是成功地在这个位置站了下来，不知道他是怎么做到的。

@秋月照长城 楼主前面提到过一件细思极恐的事情：太史公在《报任安书》里面说自己“陪外廷末议”，而且李陵一案他开始也没打算表态（“仆怀欲陈之，而未有路，适会召问”。）如果他说的都是实话，也就是说，平常朝议那种场合他很少有发言的机会，要不是刘老板专门问，他也不会站出来。问题是，刘老板是怎么知道朝堂上那个不起眼的小透明反对严惩李陵的？会不会就像前面推测的那样，太史公跟博望苑里面那些学者走得近乎，于是被刘老板安插在那里的眼线盯上了呢？从大局看，我想刘老板并不想严惩李陵，所以不会在这种场合公然对他发作，可是又总觉得刘老板从发问开始，就暗戳戳给他编织了一张网。问题是，刘老板什么时候盯上他的？