3世纪古坟时代大和国与琉球地区
3世纪大和国由南九州日向磐氏统一全日本建立国家,并在琵琶湖畔的近几、奈良地区建立都城,考古发掘的大和城围绕琵琶湖而建,巨大城池包含奈良、伊贺、近江、河内、山城、摄津、丹波、若狭等地,后期皇室和政治中心逐渐集中在奈良地区。选择定都奈良是因为磐氏祖先在与邪马台国征战中葬于奈良,橿原神宫也是为纪念皇室祖先而建。大和国的建立,意味着天皇系统从此确立,并追封磐氏的祖先为多代天皇。所以大和国之前的天皇不是真正的天皇,而是日本未统一前的九州投马国国君。投马国历代国君虽然是九州地区国君,但早期打败过土佐国,在日本中部、关东地区都有据点。投马国联合句奴国攻打邪马台国时,卑弥呼曾派遣使者向中国的魏王求助。邪马台国战败,并入投马国。此时句奴国见大势已去也加入到投马国。从此句奴国消失,句奴国贵族被奉为上臣,辅佐投马国王打天下。在攻打出云国、周防国、石见国等地时这些地区长期与吴国交流,曾向东吴求助未果。邪马台国亡后,归附它的其他小国也并入投马国,从此大和政权正式统一。
大和政权建立后,成立的天皇系统分为皇制和王制,皇制中的天皇是全国最高统治者,天皇的兄弟、叔伯等皇亲国戚属于王制,称为亲王。天皇下分大臣、上臣、中臣、下臣、大连、中连、下连、大君、大早、大直、大首,其中大君是武官将军的意思,大早是祭祀官,大连分文官和武官,武官相当于御卫官,负责皇室安保和平乱的最高统帅;地方官职分为伴照、国照、县主、稻置几个等级。官职构成了大部分氏姓贵族,亦有部分氏姓贵族是大和国统一之前的其他王室后裔。再接下来是普通百姓,分为部民和农奴,后来部民中分化出农民、游商和人匠。而亲王属下没有臣、连两个官职,只有君、早、直、首四个官职,亲王亦有小范围内部民和农奴支配,拥有一定的自治性,亲王属下的君早直首四官职同时受天皇和大臣监管,天皇和亲王、大臣、大连组成合议内阁,商讨国家大事。
值得注意的是分封的亲王中就有磐氏武王分封在唱更国,唱更国包含后来的萨摩、大隅、掖久、掖美等地区。其余的还有赞王、弥王、济王、兴王被分封在其他边境地区,济王被分封在对马岛,势力逐渐渗透马韩地区,济王之子曾派遣千余人进入马韩地区驻扎,并与南下的扶余人、马韩人发生战乱,最后形成百济国。最后谁统治了百济国历史上有争论,但之后的日子日本与百济国频繁往来、联姻,但亲王只允许本族联姻,至少说明百济国皇室成员与日本皇室或其他氏族贵族有关系。而另一边,唱更国日本武亲王的后代则是将琉球前身阿儿奈波作为流放犯人、叛乱隼人之地。曾隶属于日向国的熊袭国的后代因不服唱更国日本亲王统治曾发生叛乱,被称为隼人部族。隼人部原是大和国建立之前盘踞大隅岛、多尔岛、掖久岛的豪族,当时这些地区隶属天皇老家日向国。隼人部最终被流放至南岛的琉球地区,成为琉球原住民的构成之一。这是日本第一次与琉球地区发生关系。
日本武亲王后裔在后期战乱中败北则带领残余部将进入琉球地区安居下来。再后来萨摩豪族趁琉球地区内乱,率众部将进入琉球地区开创北山国。