会的，论文格式不正确会增加论文的重复率，所以我们在写毕业论文时，最好提前了解排版格式等要求，严格按照学校的要求去进行论文查重，论文查重检测时也最好遵循检测系统的基本原理，这样会给我们节省出很多时间。
事实上，word是可以实现毕业论文对格式的需求的，论文的查重检测系统也可以自动识别得出。论文的参考文献和目录实际上都是格式化的，在检测重复率时，论文查重检测系统会计算出文章每段的查重率，如果格式正确的话是会自动识别出来的，
所以，如果学生排版不规范，在查重前是可以把目录、参考文献等内容重点检查一下格式是否正确。还比如很多毕业生也会为论文添加脚注，尾注，注释和其他信息，这有利于对导师的阅读与理解，但不利于对好文章的检测，建议这一部分的内容格式正确。
论文排版对论文的检测结果有重要的影响，如果引用不正确那可能是会直接导致查重报告结果准确的。
其实影响论文查重报告的因素是多方面的，但也是需要尽量去减少一些不必要的因数。检测查重是可以修改达到最佳结果，一定会一遍又一遍的去检测。所以可以先选择相对便宜的论文检测系统查重检测草稿。然后在检测报告的结果出来后，对标红的部分进行修改以降低重复率，经过多次的修改，可以进行最终的检测。
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