在目前国家没有作出特殊规定不允许企业自查查补以前年度的收入作为“三费”、公益性捐赠支出扣除基数,以及弥补以前年度亏损的情况下,按照《中华人民共和国企业所得税法》及实施条例的规定,企业自查查补以前年度的收入可以作为“三费”扣除限额基数,查补收入产生的利润额可以作为扣除公益性捐赠支出的基数,查补收入产生的应纳税所得额可以弥补以前年度亏损。
另外,以查补收入计算扣除的“三费”和公益性捐赠支出,应按照《国家税务总局关于企业所得税应纳税所得额若干税务处理问题的公告》(国家税务总局公告2012年第15号)第六条的规定处理,即企业发现以前年度实际发生的、按照税收规定应在企业所得税前扣除而未扣除或者少扣除的支出,企业做出专项申报及说明后,准予追补至该项目发生年度计算扣除,但追补确认期限不得超过5年。