突然冒出个想法

你所说的“基于DOS”，是指要向下兼容DOS，还是说借助DOS干些事情就行？
以Win9x为例，虽然俗话说Win9x基于DOS，实际上大多数时间Win9x并不需要基于DOS才能干活。它为了向下兼容DOS程序和DOS时代的老硬件有大量16位代码，但这些代码并不是DOS。
Win9x启动的时候，它与DOS使用同款引导器io.sys（实际上是定制款），也负责读取一开始的配置文件。DOS引导后要启动一个DOS程序win.com，它会加载VMM（虚拟机管理器）。以上两点是Win9x必须基于DOS才能做的。（注意WinME并不运行win.com，而是由io.sys直接加载VMM）
但是VMM启动后会切换到保护模式，掏空DOS的信息并干掉它，自己假扮DOS。老硬件、DOS程序和驱动以为自己在DOS环境中，但实际上是VMM配合文件系统在假扮。VMM假扮过程中是有很多16位代码的，但这是为了制造一个假DOS。你觉得假DOS算不算DOS呢？我个人觉得不应该算。还有，假扮是面向老程序的，面向新程序并不需要假扮。
Win9x内核本身不稳定，可以说与向下兼容DOS有些关系，但更与自己本身的设计有关。容易被驱动程序扰乱内核关键区域，而且用户程序自己的问题也可能会影响到全局。这是关键原因。

有16/32位混合内核，你不会要搞16/64位混合内核吧

DOS，16位操作系统，目前已经被64位的UEFI淘汰。