菌肥，顾名思义就是菌+肥，菌就是各种有益微生物，肥可以是有机肥，也可以是氮、磷、钾、中微量元素等无机肥料。
这里需要注意，生物防治作用的菌剂（淡紫拟青霉、苏云金芽孢杆菌等），不属于肥料。
其他分解土壤农药、重金属、调节酸碱度的生物修复菌剂、加速有机物腐熟的腐熟剂，不属于肥料的功能，不做延伸。
菌肥的分类
有固氮作用的菌肥
包括根瘤菌、固氮菌、固氮蓝藻等
分解土壤有机物的菌肥
包括有机磷细菌和复合细菌等
分解土壤中难溶性矿物的菌肥
包括硅酸盐细菌、无机磷细菌等
促进作物对土壤养分利用的菌肥
包括菌根菌等
抗病及刺激作物生长的菌肥
包括抗生菌、增产菌等
各种菌肥的详细名称
枯草芽孢杆菌：增加作物抗逆性、固氮。
巨大芽孢杆菌：解磷(磷细菌)，具有很好的降解土壤中有机磷的功效。
胶冻样芽孢杆菌：解钾，释放出可溶磷钾元素及钙、硫、镁、铁、锌、钼、锰等中微量元素。
地衣芽孢杆菌：抗病、杀灭有害菌。
苏云金芽孢杆菌：杀虫(包括根结线虫)，对鳞翅目等节肢动物有特异性的毒杀活性。
侧孢芽孢杆菌：促根、杀菌及降解重金属。
胶质芽孢杆菌：有溶磷、释钾和固氮功能，分泌多种酶，增强作物对一些病害的抵抗力。
泾阳链霉菌：具有增强土壤肥力、刺激作物生长的能力。
菌根真菌：扩大根系吸收面，增加对原根毛吸收范围外的元素(特别是磷)的吸收能力。
棕色固氮菌：固定空气中的游离氮，增产。
光合菌群：是肥沃土壤和促进动植物生长的主力部队。
凝结芽孢杆菌：可降低环境中的氨气、硫化氢等有害气体。提高果实中氨基酸的含量。
米曲霉：使秸秆中的有机质成为植物生长所需的营养，提高土壤有机质，改善土壤结构。
淡紫拟青霉：对多种线虫都有防治效能，是防治根结线虫最有前途的生防制剂。
生物菌肥主要作用
三种以上多种复合菌相互促进、相互补充，抗土传病害效果远远大于单一菌种。有益菌群相互协同，共同作用，能使作物达到高产丰产的效果。
用量及混用
土壤中施入较多的菌肥，虽然不会出现烧根烧苗现象，但也并不是施得越多就越好。盲目大量施用生物菌肥，会增加肥料投入成本，降低作物的栽培效益。因此，应根据不同作物的需要和土壤养分状况，科学地确定生物菌肥施肥量，才能达到增产增收的目的。菌肥可与化肥混合使用。如过磷酸钙等施入土壤后易被固定，与菌肥混合施用，可减少养分固定、流失。而且单独施用较大量的化肥或化肥施用不均匀时，容易对作物产生毒副作用，如果与菌肥混合施用，则会减少此类问题发生。
但不要将菌肥与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫的化肥(如硫酸钾等)以及稻草灰混合用，因为这些药、肥，很容易杀死生物菌。或者先施菌肥，隔48小时后，再打药除草。若拌种切忌和已拌好杀菌剂的种子混合使用。千万防止与未腐熟的农家肥混肥。