食用菌链孢霉菌的防治策略：根据链孢霉菌的发生流行规律，应该采取预防和综合的防治措施。如果链孢霉菌已经成片发生再来防治就很困难了。预防的措施指消灭或切断初侵染源。这些侵染源主要在未及时处理的栽培下脚料中和未经过彻底消毒的各种培养基质内;除此之外有链孢霉菌发生史的菇场的病残体、土壤、地面、墙壁、房内屋顶、菇架上及空气中也存在链孢霉菌。综合的防治措施指应用物理的、化学的、生物的和农业的等各项综合措施来防治链孢霉菌，而不是使用单一的方法以便创造有利于食用菌生长，而不利于杂菌生长的条件。
防治链孢霉菌主要的综合防治措施首先要确保菌种纯正，并且在制种工作全程中要进行无菌操作。各级菌种培养基要彻底消毒。接种室和接种工具要消毒。接种前开紫外线灯灭菌半小时，还要喷洒药剂稀释液或药剂熏蒸，确保接种环境不带有杂菌。接种要在酒精灯火焰上方无菌区操作。有条件的单位应尽量使用超净工作台接种。
在接种操作场所消毒，用消毒剂熏蒸接种室和生产环境是最好的选择之一。接种室熏蒸用药量0.25g/m3~0.5g/m3，即1片药熏蒸5m3~3m3的空间;有链孢霉菌污染史的菇场，熏蒸浓度可以提高到0.75g/m3，即1片药熏蒸2m3的空间;密闭无光熏蒸4小时~ 6小时。如果急于使用接种室(箱)密闭熏蒸时间也不应少于2小时。
熏蒸消毒方法：在容器内倒入B剂溶液(严禁用金属容器)，再把A剂药片放入，即刻开始化学反应放出消毒气体。按5ml B剂溶液与一片A剂反应的比例用药。