菌种培养期间要经常检查，一级种培养期间要检查2次，二级种和三级种要检查2次～3次，检查时及时淘汰污染菌种。
1.要注意菌龄和接种量，保证菌种具有旺盛生活力。用来生产转接的菌种，一级种保藏期以一个月内使用为佳，二级种和三级种保藏期以20天内使用为最好。菌龄越长生活力越差，污染的机率也越大。栽培袋接种时要适当增加接种量。
2.培养料碳氮比要合理。培养料糖分和淀粉过量使链孢霉菌更容易发生和蔓延，培养料碳氮比要配制合理，比如菌丝体培养期间主要菇种的C/N比为：双孢蘑菇17：1，平菇、草菇和黑木耳为20：1，金针菇20：1～25：1，猴头菌25：1，香菇25：1～30：1等。培养料含水量以60%左右为宜，料水之比为1：1.2左右，水分含量不要过大。含水量大小应该根据菇种不同，应有所差异。
3.选用优质菌袋用于生产。菌袋厚度要求0.5毫米~0.6毫米且没有微孔。或者采用双袋制作法，接种后在栽培袋外面再套一个袋并封口。菌袋质量高没有微孔，或用双袋制作法是防止链孢霉菌污染的重要环节，这会大大降低栽培袋污染率。
4.培养料灭菌要彻底。培养料灭菌彻底是消灭链孢霉菌初侵染源的根本措施。熟料栽培的菇种培养料用常压灭菌(100℃)需要保持12小时～16小时或更长时间。用高压灭菌压力达到1.4kg/cm2(126℃)保持3小时，通过热力灭菌，确保培养料内不带有链孢霉菌和其他杂菌。
5.菌袋和菇床发菌期的管理。培养室、培养车间和菇房使用前须用必洁仕牌复方消毒剂熏蒸4小时~8小时，有链孢霉菌严重发生史的，熏蒸用药量为0.75g/m3，即1片药熏蒸2m3，能够达到彻底杀灭链孢霉菌的目的。熏蒸放药位置高度50cm～80cm，空气相对湿度要求50%以上，保持黑暗密闭的条件，采取多点熏蒸法。熏蒸布点越多、越均匀防治效果越好。一般5m2设置一个熏蒸点。经北京市农林科学院植保环保研究所试验，用这样的方法防治培养室链孢霉菌效果达到100%。这为广大菇场和菇农带来了福音。
发菌培养期间培养室和菇房温度不应过高，应控制在20℃～23℃;空气相对湿度不应过大，应保持在40%～70%;经常通风换气，保持空气流通，黑暗培养。菌丝培养期最少要检查3次~4次菌袋，及时淘汰链孢霉菌和其他杂菌污染的菌袋，把侵染源消灭在点的发展阶段，防止重复侵染。清理出来的污染袋用塑料袋装好运到别处烧掉。
6.出菇期的管理。在出菇期间，根据不同菇种生长的需要，用心管理，保持适宜的温度和空气相对湿度，温度不宜过高，空气相对湿度不宜过大，给予散射光和通风换气条件，创造有利于食用菌子实体生长的条件、而不利于竟争性杂菌发生的环境。每次采收后，及时清理菇根和碎菇，清除杂菌污染源，降低污染率，提高食用菌的产量和品质。出菇期结束后，将菇房打扫干净，以备再用。
7.及时处理栽培下脚料。栽培后的下脚料是多种竟争性杂菌的栖息地，是链孢霉菌重要的侵染源，废料不能长期堆积在菇场内必须及时处理掉：
①种菇再次利用 ：选择较好质量的栽培下脚料，用菇净2000倍液喷施，防治害虫;用消毒剂2000倍液喷施，防治链孢霉菌和其他杂菌。然后作为栽培料原料配方之一，种植平菇、草菇、鸡腿菇、金针菇等。
②加工有机肥;或经过灭菌灭虫处理后，作为肥料施入田间。
③作为菌糠饲料加以利用。
④作为生产沼气的原料。
⑤探讨农业、工业、建筑业和医疗上其他应用的可能性。
链孢霉菌对食用菌的危害很大，因此菇农们要引起重视，做好预防措施。