菇蝇：幼虫又称菌蛆，主要取食子实体造成隧道而影响品质，且造成的伤口还很易被病菌感染而腐烂。
防治菇蝇在不同时期应采用不同方法：
出菇前有菌蛆大量发生，可用敌敌畏按0.90千克/100平方米的量进行熏蒸，同时在每个培养块上再喷0.15千克的1%氯化钾或氯化钠溶液（可用5%食盐水代替）；
出菇后有菌蛆为害可喷鱼藤精、除虫菌酯，烟碱等低毒农药。（烟碱可自制：取0.50千克烟梗，加水5千克煮沸后取溶液喷洒）。
此外还应加强通风，调节棚内温湿度来恶化害虫生存环境，达到防治其为害的目的。