NBS的界面介绍
NBS中有三个大模块：Statistical Model（统计模型）、Data（数据）和Advanced Settings（高级设置），接下来将逐个讲解各个模块的设置。
1.Statistical Model

(1) Statistical Model 的 Design Matrix（设计矩阵）：用于指定统计模型，可输入的格式为文本文件（*.txt）或者包含单个变量的 Matlab 文件（*.mat）。格式可参考：NBS1.2 文件夹内 SchizophreniaExample 文件夹下的 designMatrix.txt 及 designMatrix.mat 文件。(2) Statistical Model 的 Contrast、Statistical Test 根据要做的统计检验相应修改。(3) Statistical Model 的 Threshold 为指定测试统计阈值的值，值越大越严格，越小越宽松。
Ps：当 Advanced Settings 中的 Method 选择的是 False Discovery Rate（FDR）时，Threshold 不会显示。
如何根据制作 Design Matrix 文件及修改 Contrast、Statistical Test？
①需要进行单样本t检验时：
新建 txt 文件夹，有多少个被试则输入多少行 1；

保存，Design Matrix 制作完毕。
Statistical Model 中 Contrast 设置为 [1]，Statistical Test 下拉，选择 One Sample；

单样本检验是检验被试的功能连接与 0 是否有区别，Threshold 参考被试功能连接的数值，一般不小于 0，不大于 1。
②需要进行独立样本t检验时：
新建 txt 文件夹，第一组有多少个被试则输入多少行 1 0（1和0中间为空格）；第二组有多少个被试则再输入多少行 0 1（1和0中间为空格）；

保存，Design Matrix 制作完毕。
Statistical Model 其他设置：假设组1>组2时，Contrast 设置为 [1 -1]（方括号一定不能少）；假设组1<组2时，Contrast 设置为 [-1 1]。Statistical Test 下拉，选择 t-test；

Threshold 此时一般在 2.5~3.5 之间。

③需进行配对样本t检验时
新建 txt 文件夹，参考如下示例：

Statistical Model 其他设置：假设组1>组2时，Contrast 设置为 [0 0 0 0 1]，假设组1<组2时，Contrast 设置为 [0 0 0 0 -1]，其他设置参考独立样本 t 检验。

还需在 Advanced Settings 中的 EXCHANGE BLOCKS 设置：[1；2；3；4；1；2；3；4]，或载入内容如下的 txt 文件：

④需要进行单因素方差分析时：
新建 txt 文件夹，有三组被试时，第一组有多少个被试则输入多少行 1 0 0（1和0中间为空格）；第二组有多少个被试则再输入多少行 0 1 0（1和0中间为空格）；第三组有多少个被试则输入多少行 0 0 1（1和0中间为空格）。

保存，Design Matrix 制作完毕。
Statistical Model 中，Statistical Test 下拉，选择 F-test，比较三组之间是否有差异时 Contrast 设置为 [1 1 1]；比较第一组是否大于第三组时 Contrast 设置为 [1 0 -1]，以此类推。

Threshold 此时一般在 t 检验 Threshold 值的平方，6.25~12.25 左右。

2.Data

(1) Data 中的 Connectivity Matrices（Data中唯一的必填字段），选择储存被试的功能连接数据的文件；可输入的格式为文本文件（*.txt）或者包含单个变量的 Matlab 文件（*.mat）。
如果使用 txt 储存 connectivity 数据，那么每个被试分别保存为一个 txt 文档。各被试文档名字只能有编号不同，其余地方完全相同，(如：subject01.txt、subject02.txt、subject03.txt......)所有被试文件放于同一文件夹，Connectivity Matrices 处只需要载入任一文件，其他的都会被自动别载入。
如果使用 .mat 格式文件储存 connectivity 数据，则按照以：element(i,j,k)的格式存储通道 i 与通道 k 之间的连接强度。
注意：.txt 文件的编号顺序或者 .mat 文件的 k（被试维度）必须与 Statistical Model 中 Design Matrix 的被试顺序相匹配。如：Design Matrix 的 txt 文件中第一行为编号 01 的被试，第二行为编号 02 的被试，以此类推。
(2) Node Coordinates(MNI)（可选）
用于定位重要脑区的节点坐标，由三列(x,y,z)数组组成，并以毫米为单位的NMI坐标。可以输入的格式为文本文件(*.txt)或者包含单个变量的 Matlab 文件(*.mat)。
不载入不会影响结果的计算，但会影响后面结果的可视化。
(3) Node Labels（可选）
为节点坐标指定名称，会在后面的 NBSview 中显示；可以输入的格式为文本文件(*.txt)或者 Matlab 文件(*.mat)。需要与 Node Coordinates 文件一一对应。
不载入不会影响结果的计算，但会影响后面结果的可视化。

3.Advanced Settings

(1) Exchange Blocks（可选）：
包含与被试数相同列数的数值向量，可直接输入，或载入格式为文本文件(*.txt)或者包含单个变量的 Matlab 文件(*.mat)。以下示例为将交换限制在第 1 行和第 4 行、第 2 行和第 5 行、第 3 行和第 6 行内；其他情况以此类推。

(2) Permutations：
要生成的总排列数，一般使用默认值 5000。
(3) Significance:
指定矫正的显著性水平(α阈值)，一般使用默认值 0.05。
(4) Method:
选择多重比较矫正的方法，提供 Network-based Statistic(NBS)，Spatial Pairwise Clustering(SPC)以及 False Discovery Rate(FDR)。
(5) Component Size:
Extent：关注脑网络连接的数量时选择。
Intensity：关注脑网络连接的强度时选择。
（在选择FDR矫正时不显示）
注：需要NBS手册的小伙伴，可在公众号后台回复“NBS1.2”，获取NBS1.2软件包及官方手册哦。

NBS软件介绍
(1) NBS的下载：
https://www.nitrc.org/projects/nbs
(2) NBS的安装：下载并解压名为 NBS1.2.zip 的压缩包；打开 matlab 窗口，进入文件菜单下的 set path（设置路径）；先点击默认清空路径，后单击 Add with Subfolders（添加并包含子文件夹），选择解压后的 NBS1.2 文件夹，单击保存。
(3) NBS的打开：再命令框输入大写的‘NBS’，回车。弹出 NBS 界面即添加成功。