三人经过太一仙径来到琼华派，见到掌门夙瑶，通过了幻境试炼，成为琼华派弟子的云天河等人被交给慕容紫英代管。
刚刚学会御剑的天河三人，来到了常年缺水的月牙村，随后紫英也赶了过来。为了解决月牙村的缺水问题，几人回到派中请求掌门借出水灵珠，但被夙瑶驳回。
当晚，望舒剑发出嗡鸣声并指向禁地的方向。三人来到禁地，见到了被冰封十九年的玄霄。
天河再去禁地，玄霄传授凝冰诀，天河决定帮助玄霄寻找三寒器，紫英同几人来到清风涧遇到青阳、重光两位长老，得到三寒器的下落。
四人来到即墨，打败了狐三太爷，在夏元辰手中得到了三寒器之一的光纪寒图。
天河将此事告知玄霄，两人结拜为兄弟。之后来到炎帝神农洞，得到了梭罗果。
回到门派后因为菱纱被视为盗贼，天河、菱纱、梦璃三人决定帮助完玄霄便离开琼华派。在巢湖中的居巢国，四人得到第三样寒器鲲鳞，紫英遇到女萝岩的槐米等妖，因与天河三人对妖怪的立场出现分歧而选择自己独自离开。
云天河将三寒器与望舒剑交于玄霄，玄霄破冰而出。
妖界降临，梦璃想起了自己的身世，拜别天河后跑入了妖界。
天河想闯入妖界但被结界所伤，所幸被紫英救下，三人来到禁地，却被掌门告知是天河的父母害得玄霄被冰封。
三人到清风涧求见青阳、重光两位长老，知晓到鬼界拿到翳影枝方可进入妖界。为进妖界找梦璃，三人在不周山通过衔烛之龙的考验进入鬼界，天河得到衔烛之龙的神龙之息。
慕容紫英在不周山发现了一柄极具凶煞之力的魔剑，慕容紫英将魔剑带走并开始寻找净化魔剑之法。（支线剧情）

在鬼界三人拿到了翳影枝，遇到了云天青。云天青把当年琼华派和幻暝界大战的往事告知三人。菱纱的伯父韩北旷帮助三人逃出鬼界，菱纱得知了自己家族短命的秘密。
蜀山弟子道闰与花妖殷芙萝相恋并生下孩子，为给孩子解毒，道闰偷盗赤雪流珠丹失败后逃离蜀山。道闰兄长道臻奉命捉拿道闰，但因顾念兄弟之情，私自偷盗赤雪流珠丹赠予弟弟，自己回蜀山领罪。（支线剧情）
天河、菱纱、紫英三人到封神陵，找到了后羿射日弓，神将句芒因天河乃三世澄澈之人，便将射日弓交给云天河。三人来到幻暝界，得知梦璃是幻暝界之主婵幽的女儿，琼华派为了自己飞升，强行掠夺妖界的灵力。
玄霄带人攻入幻暝界，天河、紫英、菱纱帮助梦璃抵抗琼华派，怀朔为了保护紫英身死。
梦璃留在幻暝界继承幻暝界之主。婵幽用梦见樽造出一个傀儡梦璃跟在天河他们身边，三人离开了幻暝界。
玄霄欲将琼华派升入昆仑天光处使琼华派全体飞升，琼华派飞升之际，处处灵力激荡，璇玑因修为尚浅无法护住心脉而亡。
为救菱纱性命，天河等人回到琼华派阻止玄霄未果，九天玄女现身打破玄霄飞升美梦，把玄霄和夙瑶囚禁东海，琼华派化作火球坠落，为了保住山下的人，天河用神龙之息和后羿射日弓的力量把天河剑射向坠落的琼华派，琼华派灰飞烟灭，山下生灵避免了一场浩劫，但天河却因以凡人之躯承受神器威力以至于双目失明。
幻暝界与琼华派大战后，幻暝界每十九年降临一次人界的轨迹遭到破坏，致使大战中一支梦貘支族被迫留在人界无法回归。（《仙剑奇侠传幻璃镜》剧情）