祖界篇
云剑真打算前往祖界，蓝韵竹劝说他就算飞扬仙帝和千鲤仙帝也没能磨灭祖界，此去又是十死无生。但云剑真最终还是杀到了祖城，秦广王和阴鸦也大开杀戒，阴鸦用起鬼源祖钥，九十九个小鬼变成了九十九个黑洞环绕身边，祖城灰飞烟灭，祖界，我来了。


阴鸦说是时候拿出全部底牌了，穿上夜海彼岸的起源祖衣，其他众多神器在手，这将是一场硬战。

第一凶坟和祖界都是剧情和战斗非常爽的地方，主角在第一凶坟成就十三命宫真我苍天，圆满装逼，游戏中正常和咸鱼难度都可以尽情享受用道具不断偷高层宝石和攻防的快感，是剧情和游戏性的小高潮。到这里云剑真心形已经有天下无敌谁挡杀谁的仙帝之态，眼前的祖界之战能继续创造奇迹吗？后面的磨难会越来越顺利吗？这一切犹未可知。。。

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阴鸦说是时候拿出全部底牌了，穿上夜海彼岸的起源祖衣，其他众多神器在手，这是一场硬战。一路杀到祖界高层，一路晋升到初始圣尊，遭遇秦广王昔日仇人大伤鬼族的天堕真神，他依托鬼祖树万世不死，没想到阴鸦之前从千群岛用世界树救活并收走的枯树桩正好是鬼祖树的树桩，于是鬼祖树“叛变”被阴鸦收服，秦广王和鬼厌得以重创之，最后云剑真干掉了只剩1%能力的天堕真神。继续深入乃是一个巨大古棺，祖界黑暗巨头森然耸立。当然就是他让飞扬仙帝和众多仙帝无功而返。此人狂傲道：就算你有鬼祖树，起源祖衣、鬼厌、飞扬仙帝战旗都不行。阴鸦微微一笑，掏出青灯，起源矛锁顿时现世，巨头大惊，也掏出武器，全力一击，此时万骨皇座万骨、养生、耀世三位仙帝踏出飞至，还有千鲤仙帝朦胧而至，遥云凡尘仙帝、地愚宝树的地愚仙帝两位仙帝踏入租界，北泽地冥渡泽祖地内冥渡仙帝乘舟瞬入祖界，幽圣界各地，五个隐秘无比的遁世古族也踏出五位仙帝，十三位仙帝挡下这无敌一击，巨头震惊。原来阴鸦和众仙帝约好了只要他失去鬼祖树和借出起源矛锁便会一起出手，黑暗巨头在赌阴鸦带来这几样东西然后被自己打败收入囊中，阴鸦在赌众人会在此时赶来帮忙。阴鸦赌赢了，祖界黑暗巨头灰飞烟灭。

鬼祖树被阴鸦放出，扎根到祖流中，惊醒无数沉睡中的存在，连祖流主人都祈祷阴鸦别死了。阴鸦进入了一处奇妙的银色旋涡中，抢出一道银芒。阴鸦表示自己想找的那个人没找到，趁银色旋涡炸开界壁带云剑真来到了石药界巨竹国。开始了新的历练

石药界篇
这是九界中继人皇界、幽圣界、祖界之后云剑真来到的第四个界。阴鸦让云剑真在此处修炼药道和《死书》，路上遇到个悟道铁蚁，阴鸦一眼看出其来历非凡，要其之后为自己潜地拿一些东西，许诺为他治好暗疾，铁蚁暂时成为了仆从。然后遇到了曾经的徒弟，巨竹国始祖雁儿的后人，从竹子悟道的紫烟夫人。铁蚁偷东西路上被箭仙帝后人箭无双抓住，云剑真赶来，故意让她射死一条命又靠死书复活来积累《死书》修为，然后击杀她的瞬间发现她被家族宝物传走了。云剑真打量起铁蚁偷来的宝物，一个古陶瓮，内有一个无字黄绢，一女子附体于其上。阴鸦老套路威逼利诱和她交易，得知了黄绢上图文的浮现方法，然后学习了上面的内容。后来，云剑真在巨竹国期间催动巨竹国守护神竹击杀从皇甫世家来犯的外敌的事迹让千松山门下枫皇请求云剑真前往相助。在千松树祖的五十万岁寿宴后用十三命宫吸收了树祖想斩主根从而自由行动引来的雷劫，收复了千松树祖。

之后前往一门四帝的药国准备参加药师大会。药国实力强悍物产丰富，三处祖脉充满传说。少有人敢打药国主意，但传说一飞贼自称黑狐竟然偷了晶海教的几件宝物，然后还偷了蹄天谷，石峰国等强大传承，最后偷到皇宫被斩杀。在药国云剑真采药招惹到石峰国天人叶倾城门下白云观主，同行的紫烟夫人赶走了他，但云剑真并不怕与叶倾城为敌。历练中晋升到大衍圣尊，然后来到药城，这座药脉起源山地入口，也称凤凰城。正好今年药师大会在此举办，四大天才药师也会参加。这时叶倾城谋士飞云尊者却来拜访云剑真，原来是替手下白云观主请罪，顺便表达了叶倾城要送云剑真一鼎药炉的意愿。云剑真不置可否。晶海教传人佩玉公子虽然比不上叶倾城、梅傲男、明夜雪和箭无双，却因为具有防御秘术天命晶体而未尝被击败，此人挑衅云剑真并打赌他不能破自己天命晶体，却被云剑真用飞仙体光速绕天命晶体旋转产生的时光逆流破了，云剑真获得了天命晶体秘术。然后云剑真被白发药神和曹国药通缉。由于这时候开始遇到毒草，云剑真开始修炼无垢体很快微成。

晋升到归元界尊后轻松击败曹国药，鲜家药祖前来捉拿云剑真被铁蚁拦住，皇甫老圣祖前来支援药祖，云剑真用死章召唤乌龙，眼前就看秒掉二人，却见药祖的师伯药国神王出手阻拦。云剑真发力死章让乌龙变为凤凰，甚至从此地深处召唤出凤凰心脏，眼看神王也撑不住了，药国皇室传人石药界第一美女明夜雪出现制止双方。云剑真看来其师祖百寿份上暂时收手。药城又叫凤凰城，云剑真驱使的正是药城起源的凤凰残骸。而明夜雪对复活凤凰抱有念想。
明夜雪告诉云剑真铁蚁就是黑狐，而这是药国高层想向云剑真和千松树祖等势力发难而昭告天下的，云剑真表示这下清理药国不用内疚了。药国神王带着灼火仙帝虚影攻来，云剑真从药国起源之处召唤出一奇女子，震慑万方，眼前就要毁天灭地，百寿出现，阴鸦放了药国一码，原来阴鸦曾经赐给百寿一个药炉让其发家，百寿成为了药国守护神和比肩药祖仙帝的药帝。药帝这一世打算老死，让明夜雪继承自己。正好明夜雪也是阴鸦非常看好的人。最后阴鸦表示要去枯石院再去三脉起源。云剑真得到了紫烟夫人想从药师大会上得到的东西于是不再参加药师大会，阴鸦交给黑狐一个任务后让黑狐永远隐藏了起来。阴鸦复活了凤凰但凤凰还没有真命和灵魂于是被阴鸦放生了。阴鸦打算和云剑真逛完枯石院再带上紫烟夫人去狴犴兽土。

兽域篇
枯石院是当时最凶险的地方也是十二葬地之一，而很少有人知道怎么进去。一番尝试果然进不去枯石院，于是前往兽域。路上遇到箭无双来报仇，云剑真随便她杀用死章瞬间恢复，然后展示了一下十三命宫和仙体领域将她瞬间征服，宛如当初征服霜颜。云剑真表示可以收她为战将，但箭无双目前并不接受低人一等。
来到兽域铁家祖地，云剑真晋升世尊斩道，蹄天谷妖皇圣飞因为阴鸦所谓前来报仇，箭无双出现拦下，原来她已经想通了。妖皇就要被斩，四眼龙鸡出现，告诉了云剑真一些情报，包括铁家有宝物出土，叶倾城乃石峰国镇国之石所化，然后四眼龙鸡被云剑真收服，出手干掉了妖皇圣飞。这是一美女被云剑真从暗中喊出，名叫龙惊仙，拥有普天下不应该出现的仙命，等于拥有绝世无双的天赋，敏捷和聪慧，任何功法看一遍就会。但需要仙轮和仙体支撑，好在生在御兽城，有老祖和药帝倾力保护才没有夭折。谈话中龙惊仙爸爸龙虎君王出现要叫回离家出走逃避修炼的女儿，但龙惊仙称云剑真是他未婚夫，他爸竟然同意了，云剑真扶额，但打算让她努力修炼不要浪费天赋。龙惊仙喜欢和箭无双争强好胜，想在修炼上超过她，于是有了动力。云剑真给了箭无双一把弓，称之为以后第一真器，再教了龙惊仙一本非常难的功法。

铁家宝物出土，是根铜棍，云剑真收走后前往曾经的神兽天域，而现在只是废墟。几人一顿挖掘，让狴犴兽土出世，世人趋之若鹜，包括天阵宗和蹄天谷传人金乌太子。一波言语交锋，场面上箭无双对上金乌太子，龙惊仙对上天阵少皇，二女均秒杀对面。然后帝疆梅傲男前来，此人各方面不亚于叶倾城。云剑真让几人自行前往狴犴兽土，独上帝疆会梅傲男，原来是个女扮男装又有高人指点之人。梅傲男想让云剑真归顺自己，云剑真称这一世自己键值仙帝，其他人就不要想了。梅傲男师傅，帝疆主人出现，认出阴鸦，原来此人也是仙帝左右的实力，但得罪过阴鸦，几句话就被阴鸦吓趴下，自知梅傲男争天命无望，但求其能掌管帝疆。另外帝疆主人真正想知道的是是怎么样的存在创造了他们这种类似石头的生命。最后阴鸦打算给他一次机会让其弟子梅傲男进入狴犴兽土一起闯荡，生死胜负自负。最后一段对话有错字，“走吧去和箭无双他们回合”

狴犴兽土篇
狴犴兽土出世，众人蜂拥而至，阴鸦却不急，笑称对那些人来说最大的机缘就是云剑真手中的铜棍，所以不怕他们抢到自己想要的。狴犴兽土最神奇之处在于所有的生命都是泥石所化，却无人知道缘由。进去发现叶倾城想领导开发狴犴兽土，并指明单挑梅傲男，梅傲男亮出11个命宫，叶倾城旗下来自各大势力的十八天少率先冲锋被梅傲男兵不血刃轻松全歼。这下全部势力都投靠了叶倾城，让阴鸦赞叹其权术。

云剑真正处于圣尊的最后一个境界世尊斩道，这不是普通人会到的境界，一定要八个命宫以上才会经历这一圣尊特殊境界。之后晋升圣皇，以后的路也会更好走。阴鸦让云剑真修炼第四仙体破穹无体，功法上阴鸦自创了一套适合云剑真的生命之舟，打算等会儿也让云剑真修炼。云剑真让龙惊仙和箭无双来到一处荒地，说这里可以磨砺她们，并让她们相互学习对方的领悟和道心，同生死共患难，然后自己继续冒险，晋升初始圣皇，破穹无体微成。传说以前狴犴城掉出一块石头就成了狴犴仙帝，而今狴犴城被找到，却需要狴犴仙棍当钥匙打开，没错就是云剑真手里那根。云剑真直接来到一处石院，里面有个凶猛的石头雕像，击败守卫后出现城卫长，即狴犴兽土掌权人。言谈中阴鸦曾经从狴犴兽土拉出四具石人，原来就是小说里九圣妖门的守护石人。两人商定只让阴鸦点的2个人进主府，便是云剑真和梅傲男。

叶倾城叫嚣要战云剑真，因为云剑真进了主府但叶倾城和其他人都没进去。但云剑真根本不理，走入深处，感觉阴煞之气逼人，阴鸦说里面是古冥参与，道心不稳的云剑真现在进去很危险，于是独自前往，云剑真去别处锻炼。外面叶倾城不管怎么五光十色地施展大道，怎么和狴犴城共鸣，也打不开主府门户，于是道心受损，他不会知道是阴鸦让城卫长不开门的。主府深处，阴鸦来到曾经他封印的地方，这里有他尘封的力量，阴鸦四军之首的虎贲铜军。阴鸦将从第一凶坟获得的石头炼化为云剑真的本命真器天地印，攻防涨了30%。
蹄天谷金乌太子前来和叶倾城共同主持天下大局，而翦龙世家、药国、御兽城不出，众人皆不敢言，除了一圣皇。但很快被金乌太子秒杀杀鸡儆猴。这时云剑真从主府走出，金乌太子说这次没箭无双保护，你完了，然后被云剑真的封天五道门干爆自己牺牲寿血召唤的三足金鸟，被秒，在场有人惊呼第一凶人名不虚传。

之后叶倾城对阵云剑真，而龙惊仙和箭无双也赶来交手，这时晶海教和蹄天谷大世贤也出现，引来箭无双和龙惊仙的父亲分别对阵，于是御兽城对蹄天谷，箭家对晶海教。接着帝疆梅傲男和十八大教大军也分别登场对峙。混战开启，石龙神出现，这是上个时代类似叶倾城的天骄，曾经把少年踏空仙帝赶出石药界。可惜争夺天命时被踏空仙帝多次击败。他一出手，箭无双她爸箭老八被压制，逼得龙惊仙展现出自己十一个命宫，配合箭无双，联手施展出之前生死磨炼时开窗的仙御乾坤·箭极九道·十方皆灭无敌之术，竟然压制住对面所有人，这时对面又出现人，不破帝皇，乃晶海教仙帝后第一人，出手就要压制住龙惊仙箭无双，这时千松树祖也出现了，这两人见过好几代仙帝的妖祖，令在场所有人震惊。这时对面又从古棺走出一人，石锋仙帝幼孙帝孙，然后帝孙、不破帝皇、石龙神三英杰战千松树祖，千松树祖使出源自无敌一世的天鸿女帝的镇帝术，力压三人。这时叶倾城演化大道，竟然驱使狴犴城内深不可测的石人包围了众人，封印降临，千松树祖等人也被压制，然后叶倾城开始要挟起来，这时一个声音传来，“退下”，所有石人照做，原来是梅傲男的师傅，但主府传出一个城卫长声音，当场宣布命令无效，梅傲男师傅已经被驱逐出狴犴城，于是石人又把众人围住。这时主府走出明夜雪，一句话便让石人退去，让叶倾城失去对狴犴城的控制，但石龙神马上袭向明夜雪让战局再度转折。