“养鱼/虾/蟹先养水”是水产人常常念到嘴边的话，那具体我们要养好水中的哪些生物？藻类、浮游动物，细菌等等都是所要管理的，其中最基础的就是藻和菌。他们分别作为生产者和分解者在池塘这个小小的生态系统中起到不可或缺的作用，形成了碳和氧的循环。
碳和氧的循环
一、藻类—初级生产力（生产者）
藻类是池塘生态系统物质循环和能量流动最初始、也是最重要的一个环节。通过光合作用，将太阳能转化为生物质能输入池塘，以驱动池塘生态系统运行，是藻类的重要功能。池塘中80%以上的氧气来源于藻类，同时它也是浮游动物及苗种优良的开口饵料。因此，我们提倡“科学肥水”，定向培养有益藻并维持稳定好，是在养殖过程中要做的重要工作。
在定向培养的过程中，藻类的生物量也并不是越多越好，“科学肥水”要使池塘中的有益藻的生物量达到一定的数量，并且水质保持一定的活性和稳定性。藻类的生物量以及每天的光合作用速率必须与池塘的载鱼量相匹配。因此在肥水过程中应当注意以下两点：
1.选择正确合适的藻种投入进行肥水，肥到想要的透明度；
2.合理适量正确施肥，选择定向肥使用，不要一味的补充氮肥、磷肥，藻类需要碳氮磷有一定的比例，要根据实际情况相应的补充。
二、微生物—分解者
在池塘生态系统中，微生物是必不可少的一项。它作为自然界的还原者，可以将池塘中的各种无生命的复杂有机质（残饵粪便，浮游动植物尸体等）分解成水、二氧化碳、铵盐等可以被生产者重新利用的物质，完成物质的循环，是连接生物群落与无机环境的桥梁。但是这往往也是现在养殖人经常忽略的一点，不注重菌的使用，没有对水质进行合理的维护，从而导致各种水质问题的发生。除此以外，有益菌本身营养价值丰富，可以作为饲料、免疫添加剂，在提高饲料利用率，提高免疫等方面具有一定作用。
实际池塘中本身有各种菌的存在，但是因为人工养殖干预，使池塘中的菌不足以完成那么大的工作量，因此需要外界合理补充。使用菌时需要注意以下三点：
1.定期投入菌进行分解过多的有机质，而不是等池塘已经恶化了再使用。正常情况下一周左右维护一次，根据池塘具体情况如养殖密度，天气温度等因素调整间隔时间。
2.禁止与消杀产品同时使用。
3.注意用量。菌和藻相辅相成，也相互竞争。