芽孢杆菌的概念
芽孢杆菌（Bacillus）是细菌的一科，能形成休眠体，休眠体由核心、皮层、芽孢衣和孢外壁组成，可在一定条件下变成营养体，进而进行代谢和繁殖。在萌发成营养体之后，能强烈地分解碳系、氮系、磷系、硫系污染物，分解蛋白质和复杂多糖，对水溶性有机物分解也有重要的作用，同时可以与养殖环境中的有害藻类及水产致病菌竞争，形成优势种群，抑制有害藻类及水产致病菌。所以芽孢杆菌在水产养殖中的应用越来越广泛。芽孢杆菌来源广泛，可以使用的菌种很多，使用时间菌、东洋芽孢杆菌、纳豆芽孢杆菌、芽孢乳杆菌、丁酸梭菌等。
芽孢杆菌的优点
促进生长
芽孢杆菌具有多种消化酶活性，如：蛋白酶、淀粉酶、脂肪酶及降解饲料中复杂碳水化合物的酶等，可降解饲料中的某些抗营养因子，使饲料的转化率提高从而促进生物生长。此外，芽孢杆菌可产生维生素、有机酸、氨基酸等多种营养物质，为养殖生物提供必需的营养成分加快其生长。
存储，运输方便
芽孢杆菌类微生物制剂除具有稳定性好、抗逆性强特点外，方便储存不受运输条件的制约。
促进单细胞藻类生长
芽孢杆菌分泌的胞外酶系可快速降解养殖水环境中的有机物，包括养殖生物的代谢产物、残余饲料、浮游藻类、尸体和底泥，使之转化成藻类生长的养分无机盐类，如：硝酸盐、磷酸盐、硫酸盐等。
增强免疫功能
芽孢杆菌进入养殖环境后，可以附着于体表也可进入消化道， 形成有益菌群，有益菌的增殖，对病原菌产生竞争性地抑制，从而提高养殖生物的免疫力。
拮抗水产动物病原菌
芽孢杆菌拮抗水产动物病原菌的机理：①生物夺氧及竞争性排斥。②生物颉颃致病性微生物。芽孢杆菌通过产生细菌素和有机酸等杀死或抑制病原菌；③改善体内外生态环境，减少氨、硫化氢等有害物质的产生；④产生多种酶类，提高消化酶活性。
根据以上的优点，芽孢杆菌在水产上常被用做饲料添加剂、水质净化剂或底质改良剂。