钙在天然水中主要以正2价的钙离子形式存在，是天然水中重要的离子。钙的来源主要有含有石膏地层中生石膏的溶解、白云石、方解石在水和二氧化碳作用下的溶解等。因此，不同条件下的天然水中钙离子含量差别很大。
地面水中含钙量少，海水含钙离子多，盐度35的海水中可达到400mg/kg。
钙是多数淡水中含量最多的阳离子。随着含盐量的增加，其含量也增加，但它容易形成碳酸钙沉淀，使积累减慢，以至钠镁离子的含量在盐度高的水体中含量超过钙。
钙与藻
钙是动物骨骼、介壳及植物细胞壁的中药组成元素，而且对蛋白质的合成与代谢、碳水化合物的转化、细胞通透性以及氮、磷的吸收转化等均有重要影响。缺钙会引起动植物的生长发育不良。虽然不同的藻类对钙的需要量差别极大，但钙是需要情况相差甚大，但钙是水体初级生产力不可缺少的因子。藻类细胞需要钙，硅藻大都喜欢在硬水中生长，水中钙含量过少，会限制藻类的繁殖。