按照污染物的种类，水体污染可划分为：重金属污染、有机污染、微生物污染等。
重金属污染（主要是 Pb、Cd、Hg、As 等） 不仅破坏了水体的自净能力，而且对水域内鱼、虾的正常繁殖和生存造成严重威胁，如果用受重金属污染的水进行农业灌溉，将会导致受灌溉区域土壤重金属含量超标，进而影响作物品质和产量。人们一旦饮用了重金属超标的水，将会引发肾脏和心脑血管损伤，重金属在体内长期存在，将会增大致癌风险。
重金属污染来源
重金属废水的来源广泛，不同行业产生的废水中重金属的种类和含量也不尽相同。重金属废水的主要来源涵盖了能源、医疗、采矿、印染、造纸、油漆以及农药等多个行业，工业废水的过度乱排放和处理不当，是造成水体污染的主要原因。现有的治理技术主要从转变它们的化学形态和存在位置，利用重金属离子能够发生化学沉淀作用，将重金属离子从溶解态转变为难溶性的化合物沉淀态，以降低其迁移性。
重金属污染危害
重金属离子造成的环境危害主要分为对水生动物的直接危害、对水生植物生长的直接影响和对人体的间接威胁三个方面。
例如，过高浓度的重金属将会使海水中的鱼类进入非正常“兴奋”状态，产生挣扎，最后死亡，降低虾类产卵的成活率。
水生植物发达的根部细胞在吸收营养物质的同时将重金属污染物吸收进入水生植物体内，并且通过植物的茎向上运输到达植物体各部分，重金属离子通过抑制水生植物叶片细胞酶系统的正常分泌，进而抑制叶片内叶绿体的正常代谢过程，导致水生植物出现叶片发黄、生长迟缓、植株萎蔫等现象，严重的重金属污染将直接导致植株死亡。
重金属污染物质储存于体内，通过食物链进入人体，长期积累这种无法自行降解的重金属将威胁人体健康，这些贮存的重金属污染物短时间内对人体的危害尚不明显，也不易被发现，但是长期食用受污染的食物，将影响人体免疫力，造成人体内维生素和营养元素的缺乏。据研究发现，当人体内 Cd 的积累达到一定程度后，将造成肝肾功能的病变，引发贫血和高血压等；当人体内 Hg 的积累达到一定量时，会对脑组织成造成伤害。