【仙剑前二十年】
侠侣陆北亭与月纬来到施洞寻找缅钢玄铁，二人进入月光城后遭遇魔兽袭击，陆北亭心生恐惧弃月纬而去，月纬被赶来的风灵兽所救，因对陆北亭心灰意冷，月纬与风灵兽结为夫妻。
【仙剑前十八年】
圣姑（傀儡婆婆）找齐了麒麟角与凤凰蛋壳炼制药物将青儿苏醒，但圣姑在这个过程中受到蛊毒反噬而无法言语行动。继任的圣姑代为照顾青儿并四处奔波为前任圣姑（傀儡婆婆）寻找解毒之法。（支线剧情）
仙剑三外传主线剧情开始：
南宫煌下山买酒时救出五毒兽（王蓬絮），后在唐家堡偶遇温慧，并跟她一起捉妖。南宫煌回蜀山途中再次遇到温慧，两人结伴回到蜀山。
蜀山地脉异常，蜀山真武长老常授带领部分蜀山精英弟子前往蜀山地脉门户探查，但地脉弥漫着能够专门化去蜀山弟子功力的瘴气，功力尽失的常授长老与蜀山弟子在与妖怪的缠斗中战死。
徐长卿欲寻求修复地脉之法，南宫煌受徐长卿委托前去绿萝山寻访清冷仙人，在绿萝山遇到了王蓬絮。
南宫煌、温慧、王蓬絮三人来到清冷仙人居所，清冷与殊明因五灵轮争执不下，南宫煌禀明来意，清冷将蜀山地脉修复之法告知南宫煌并收其为弟子，又将五灵轮与南宫煌身合以助他吸收灵气打通地脉。

南宫煌等人回到蜀山，告知徐长卿修复地脉之法，得长卿授意，开始打通地脉。地脉打通后，三人来到里蜀山，结识了星璇和思堂。
众人自阴性地脉走出后来到胜州，南宫煌去纳林河源解决水源问题，救下雷元戈。南宫煌带雷元戈回到蜀山，不料雷元戈偷袭徐长卿，却反被打伤。
次日南宫煌再探地脉，众人遇到血魂姬，血魂姬释放“血濡迴魂”将众人困入回忆之梦中，南宫煌也因此得知自己父母赤炎与丝缎的往事和自己的身世。
众人自阴性地脉走出后到达蜀山故道，温策因温慧逃婚藏匿蜀山，向徐长卿要人未果，于是率军攻打蜀山并下令炮轰锁妖塔，重楼及时现身挡下炮弹，保护了锁妖塔。重楼欲杀温策，被徐长卿阻挡，重楼于是全灭温策大军。
众人再探锁妖塔拿取化妖水，南宫煌失足跌落蒙重楼相救，重楼将众人传至新安当，南宫煌结识景天。
南宫煌在渝州竹林中遇到景小楼，在跟小楼比试中获胜后，景小楼将镇妖剑赠与南宫煌。（支线剧情）
众人在地脉太阳华池见到蜀山派首代掌门太清真人留下的石碑，得知人界与妖界的平衡之道。众人来到里蜀山，发现殊明设“魔界之门”引诱群妖走入化妖水中，摧毁魔界之门时重楼再次现身助星璇灵肉结合。

【仙剑前二十年】
侠侣陆北亭与月纬来到施洞寻找缅钢玄铁，二人进入月光城后遭遇魔兽袭击，陆北亭心生恐惧弃月纬而去，月纬被赶来的风灵兽所救，因对陆北亭心灰意冷，月纬与风灵兽结为夫妻。
【仙剑前十八年】
圣姑（傀儡婆婆）找齐了麒麟角与凤凰蛋壳炼制药物将青儿苏醒，但圣姑在这个过程中受到蛊毒反噬而无法言语行动。继任的圣姑代为照顾青儿并四处奔波为前任圣姑（傀儡婆婆）寻找解毒之法。（支线剧情）
仙剑三外传主线剧情开始：
南宫煌下山买酒时救出五毒兽（王蓬絮），后在唐家堡偶遇温慧，并跟她一起捉妖。南宫煌回蜀山途中再次遇到温慧，两人结伴回到蜀山。
蜀山地脉异常，蜀山真武长老常授带领部分蜀山精英弟子前往蜀山地脉门户探查，但地脉弥漫着能够专门化去蜀山弟子功力的瘴气，功力尽失的常授长老与蜀山弟子在与妖怪的缠斗中战死。
徐长卿欲寻求修复地脉之法，南宫煌受徐长卿委托前去绿萝山寻访清冷仙人，在绿萝山遇到了王蓬絮。
南宫煌、温慧、王蓬絮三人来到清冷仙人居所，清冷与殊明因五灵轮争执不下，南宫煌禀明来意，清冷将蜀山地脉修复之法告知南宫煌并收其为弟子，又将五灵轮与南宫煌身合以助他吸收灵气打通地脉。