怀孕2个月～3个月或者4个月～5个月就可以做亲子鉴定。
现在亲子鉴定的方法有血型测试、DNA亲子鉴定或者染色体多态性等，每种方法的时间都不一样的。

在怀孕早期2个月～3个月时可以通过绒毛活检来判断宝宝的DNA是不是和父母亲的DNA一样。
在怀孕4个月～5个月经常就需要通过羊水穿刺来做染色体核型分析来判断胎儿的DNA是不是和父母亲的遗传基因一致。
还有一种方法孕就是可以通过脐血穿刺来做染色体核型分析来判断，选择哪种就可以根据实际情况来考虑决定。

我更建议是做无创胎儿亲子鉴定，也称“无创产前亲子鉴定”、“无创胚胎期亲子鉴定”、“无创孕期亲子鉴定”，是利用新一代DNA测序技术对母体外周血中的游离DNA片段（包含胎儿游离DNA）进行测序、生物信息分析，从中得到胎儿的遗传信息来确认亲子关系。相较于常规胎儿亲子鉴定需通过手术方可获得胎儿DNA，无创胎儿亲子鉴定只需抽取孕妇10ml外周血（静脉血）即可，无创、安全、准确。

如果想在对方不知道的情况下做鉴定，其实也很简单，因为无创胎儿亲子鉴定可匿名（不需要提供身份证信息，实名的才要）进行，也不需要本人到现场，邮寄样本即可，上海地区的，可以邮寄到上海DNA亲子鉴定中心，在静安区这边。
而且疑父的样本采集也是非常的简单，比如：口香糖、矿泉水瓶、牙刷、头发、指甲、精液等等（其中之一就可以），具体你可以咨询客服人员。