预染蛋白Marker，染料的标记反应和蛋白质的其它标记反应一样，其实际标记效率由于各种各样的因素而波动于一个合理的区间，不是一个确定的常数。在预染蛋白Marker的生产过程中，染料标记效率的波动将直接影响到最终标记产物的分子量大小。因此厂商都有一套优化的条件来实现相对稳定的染料标记效率。即使如此，标记效率的稳定性仍然不可能达到一个稳定的常数，仅能将其控制在一个比较小的波动范围。其结果是，染料标记的蛋白质产物的分子量在不同批次间会存在一定的波动。这就是我们俗称的分子量准不准的问题。由上述原理可知，没有哪家公司的预染蛋白Marker具有绝对的准确性。正如Thermo在其产品说明书中明确写道，预染蛋白Marker仅用作为蛋白质分子量的近似参考，不同批次产品间具有不大于5%的批间差异。
不同的蛋白质（不考虑修饰） ，即使分子量相同，也有可能（比例较小）由于氨基酸组成的不同等因素，而表现出泳动迁移率的差异。实践中，这种看起来似乎不符合电泳原理情况常常会出现，相信做实验比较多的小伙伴可能也曾遇到过。
同一蛋白Marker产品的谱型在不同体系的电泳中，也会出现不同的泳动行为。例如下图。