相比于预制的梯度凝胶，在自制的固定浓度凝胶中，预染蛋白质分子量标准的条带会看起来显得略粗一些，而不如前者锐利。当条带较粗的时候，我们的实践经验显示，分子量的参考一般应以条带的上半部为准。
有些小伙伴的WB结果参照蛋白Marker，与预期大小不符，第一反应就是Marker不准。那么除了我们之前分析的预染蛋白Marker本身的准确性的问题，还有没有其他原因呢？
SDS-PAGE凝胶电泳按照分子量大小将蛋白分离，是蛋白在充分变性、还原条件下，使蛋白分子带上均匀密度负电荷，蛋白分子的形状是短轴一样的链状结构（单条肽链）来实现的。如果蛋白样品未充分变性、还原，其形状和电荷等因素会影响迁移率从而导致分子量与预期不符合。下图（1为变性、还原BSA（66KD）；2为变性、非还原BSA）。