天然石英经过提纯后，二氧化硅含量越高，其他非二氧化硅物质越低，这种石英的价格就越高。当然也有一些特殊用途的石英玻璃需要添加一些杂质才能满足不同领域的需求。比如太空中使用的零膨胀石英玻璃、光源中滤紫外石英玻璃、消毒杀菌使用的无臭氧石英玻璃等都需要添加一些特殊杂质。
天然石英矿石中的非二氧化硅杂质，我给分成两类，一类是显性杂质，包括肉眼可见以及光学放大镜、显微镜可见的杂质。主要是矿物固体杂质，包括黄红皮、钾、钠长石、云母、磁铁矿、金红石、石榴子石等。同时还包括气体、液体杂质；
另一类是隐性杂质，这部分杂质包括结构水等高温下挥发性的非金属物质、光学显微镜下无法辨识的极小固、液、气体杂质以及结构杂质等。
显性杂质在现有的加工提纯工艺过程中，通过煅烧、水焠、研磨、筛分、磁选、电选、浮选、酸浸等工艺，能够有针对性地被尽可能多的去除。但隐性杂质的发现和去除就特别困难（SEM-EDS），尤其是结构杂质中的金属离子。在考虑成本因素的前提下，现有常规的生产工艺几乎就无法去除。有人在高温和高压电场下驱离石英砂中结构杂质，不仅成本高昂，可能效果也不章。结构杂质含量较多的水晶或者石英，其中的硅原子被铝原子或者铁原子等替代较多，通过Co60轰击，特别容易形成色心。很多水晶通过现有工艺提纯后，其杂质含量也依然很高，不能制取高纯石英砂，就是其隐性杂质含量高而无法去除造成的。