臭氧强大的抗菌能力依赖于其强氧化性，抗菌能力的大小和臭氧的浓度以及作用时间密切相关。医用臭氧是由医用纯氧通过各种管道与臭氧发生器连接，通过后者产生的臭氧-氧气混合气体，这些管道在连接时可能造成医用臭氧受污染，医用臭氧制造过程的各个环节及其组件也并不能保证其无菌，而且临床治疗应用的臭氧浓度被严格限制在一个范围以内（医用臭氧浓度<80ug/ml，通常为20-50ug/ml)，应用的气体体积也受到限制，医用臭氧的剂量也自然受到限制，加上臭氧在机体内迅速与体内抗氧化系统发生作用，其氧化性迅速降低，能否保持其强大的抗菌能力，值得商榷。臭氧疗法中多种应用方式与体液直接或间接接触，保障应用的臭氧无菌性尤其重要。
依据南方医科大学林庆荣教授2008年发表的研究：医用臭氧在矫形外科临床应用安全性的初步实验研究。结果表明:医用臭氧中可能含有细菌，医用臭氧注射进机体后其杀菌能力可能减弱甚至消失，在应用医用臭氧治疗时，应在臭氧发生器连接处加一次性针头滤器以防止感染。