楼顶种菜可能会对楼房造成一定的危害，主要表现为增加楼房的负荷和损坏楼房的防水层。如果种菜的重量过大，会对楼房的承重产生影响，导致楼房出现倾斜等问题。同时，种植过程中需要灌溉和施肥，这些操作可能会导致水和肥料渗透到楼房内部，使楼房的防水层受损，从而影响楼房的使用寿命。因此，楼顶种菜需要在谨慎考虑后进行。