如果摩托车没有报废，但长时间没有进行年检或未处理相关的交通违规，可能会影响以后小车上牌。这是因为摩托车和小车的行驶记录是互相关联的，车主的交通违规记录和未处理事项都会被记录在档案中。如果摩托车的交通违规记录太多，或者存在未处理的交通事故等情况，可能会影响车主以后办理小车的上牌手续。因此，车主需要及时处理摩托车的交通违规和年检事宜，以避免对以后的小车上牌造成不良影响。