会动的毛毛虫科学小实验的原理是利用化学反应中的酸碱变色原理，将物质A和物质B混合后产生颜色变化，从而驱动毛毛虫进行运动。具体来说，实验中将物质A和物质B加入到毛毛虫的容器中，它们会在容器中发生反应，产生气体并导致液体变色。毛毛虫会感知到液体的颜色变化并进行反应，从而实现运动。该实验能够让孩子们了解化学反应的原理，同时培养他们的动手能力和科学探究精神。