医保双通道和特殊门诊的区别是，1、医保双通道是指在支付环节，患者在享受常规医保财政补贴的前提下，也可以选择使用商业保险出具报销凭证进行支付，而特殊门诊是指在给患者开展就诊、诊疗服务时，给予相关费用补贴的一种安排。2、医保双通道提供更多的支付方式和更可靠的保障以及更高品质的服务，使患者可以以更低的价格购买具有更高品质的服务，而特殊门诊主要是政府出台新政策，为某一部分人提供增加的政府补助。3、本质上，医保双通道意味着患者可以使用自己的保险来支付剩余的就诊费用，而特殊门诊则意味着政府会在政府医保报销的基础上，提高政府财政补贴水平。现在，国家正在大力推动医保双通道，不仅有利于改善患者就诊支付环节，而且还能有效遏制药品和医疗服务价格上涨，促进患者就医需求更优惠、更可靠，负担能力更强的社会保障体系建设。
