生物滤池可以有效去除有机物、氨等有害物质，有效去除率可达到90%以上。通常内源性的植物或微生物消化去除污染物，并把其转化为生物的可利用的碳、氮和磷等有益物质，改善水体的品质、提供水生态系统质量。生物滤池还可以将硫化氢、氰化物等部分有毒的有机物质去除，提高水的质量，同时，在滤池中减少氨氮对水生动物的毒害，改善水体生态环境。