中国东方航空公司的分公司主要是上海航空有限公司、北京东方航空有限公司和成都东航有限公司。上海航空有限公司作为东方航空集团有限公司的母公司，是一家拥有完整营运资质、飞机护照、维修许可证和特殊不锈钢材料经销资格的具有国际竞争力的上市公司。北京东方航空有限公司则为东航集团的大股东，拥有现有的股权投资企业以及订购了客机，主要负责东航集团地区管理服务，并参与地区义务飞行等工作。成都东航有限公司则主要负责北京东方航空有限公司在西南地区的航线营运管理，经营范围涵盖机场运营、公共服务、机票代理等业务。中国东航集团也创立了一些关联公司，主要开展低成本航空运营、企业管理服务、公共管理服务和其他经营业务。同时，东航还会通过航空服务交易，投资其他航空企业，以增强航班的灵活性、优化航班布局、满足旅客的前往意愿，开拓市场空间，提高整体效率。