中国最神秘的十大部门包括：国家安全部、中央情报局、中央警卫局、解放军总参谋部、中央组织部、中央纪律检查委员会、中央统战部、国家外国专家局、国家核安全局、钓鱼岛管理局。这些部门多数涉及国家安全和军事事务，因为工作性质的特殊性，对外公开程度较低，令人充满好奇心。