风险一：认定过程弄虚作假，被取消资格须补缴税款 对在高新技术企业申请认定过程中存在严重弄虚作假行为的，由认定机构取消其高新技术企业资格并通知税务机关按税收征管法及相关规定，追缴其自发生行为之日所属年度起已享受的高新技术企业税收优惠。
情节严重的，会被列入科技黑名单，因此，企业在筹备过程中，不要有侥幸心理，务必做好材料真实可靠。
风险二：将境外所得错误适用优惠税率 《财政部 国家税务总局关于高新技术企业境外所得适用税率及税收抵免问题的通知》(财税〔〕47号)规定，以境内、境外全部生产经营活动有关的研究开发费用总额、总收入、销售收入总额、高新技术产品(服务)收入等指标申请并经认定的高新技术企业，其来源于境外的所得可以享受高新技术企业所得税优惠政策。
风险三：未按规定留存备查资料 根据政策规定，高新技术企业认定成功后，在享受优惠过程中，未按税务机关要求提供留存备查资料，或者提供的留存备查资料与实际生产经营情况、财务核算情况、相关技术领域、资格证书等不符，无法证实其符合高新技术企业优惠政策条件的，税务机关将按照税收征管法、《认定办法》等相关规定追缴税款。
风险四：因其他原因被取消高新技术企业资格而补税 根据规定，对发生重大安全、重大质量事故或有严重环境违法行为(依据有关部门根据相关法律法规出具的意见判定)的，发生更名或与认定条件有关的重大变化(如分立、合并、重组以及经营业务发生变化等)但未在三个月内向认定机构报告，或累计两年未填报年度发展情况报表(企业获得高新技术企业资格后，应在每年5月底前填报上一年度的发展情况)的高新技术企业，由认定机构取消其高新技术企业资格，并通知税务机关按税收征管法及有关规定，追缴其自发生上述行为之日所属年度起已享受的高新技术企业税收优惠。