蛇口客运码头可乘船前往深圳湾口岸、丹竹头、宝安机场、海上世界、新安江渡口、深圳湾大梅沙口岸、南头港口岸、蛇口码头、深圳湾客运站等地。乘客可以乘坐深圳湾客运有限公司、蛇口客运有限公司、深湾客运有限公司等多家公司的客轮前往这些地方。