当前土壤健康面临的突出问题包括：化肥农药的过度使用导致土壤污染和生态环境破坏；农业生产方式的单一化和机械化，导致土壤质量下降和生物多样性减少；城市化进程加速，导致城市土地污染和生态系统失衡；土地承载能力下降，土地沙化、土地退化等问题也日益严重。这些问题已经成为制约土壤健康和农业可持续发展的重要因素，需要采取有效措施加以解决。