微信支付商家审核不通过的原因有可能是商家信息或资料不全、不真实或不符合微信支付认证规定，也有可能是企业财务状况不佳、存在以往账单超期未结清等情况，另外也有可能是新设立的商家需要进行身份认证等。审核不通过可能是因为商家当前提交的信息或资料不全、不真实、不符合微信支付的认证要求，也有可能是因为企业财务状况不良，存在历史账单超期未结清等情况，还有可能是因为新设立的商家需要进行身份认证等问题导致的。商家如果想申请微信支付认证，应当首先检查自己的信息和资料是否完整、真实、符合要求，同时，商家还需要检查业务财务状况，如以往账单是否超期未结清等情况，确保不存在影响微信支付审核的问题，最后，商家还要务必准备好有关资质，这些资质将作为微信支付审核的依据，以及身份认证资料，以便更好地通过审核。