区分砗磲种类的主要方法是从形态上来辨别，比如软体砗磲外形通常圆柱状，有固定的壳层，表面像乌龟或蜗牛，而硬壳砗磲外形椭圆，表面具有光亮的贝壳表层，并拥有独特的心型内部结构。此外，还可以通过它们的生活习性来进行区分，比如软体砗磲以植物为食，活动范围不大，而硬壳砗磲一般以海胆、活虾为食，尤其喜欢深海生活环境，活动范围比软体砗磲大。此外，还可以利用COI基因对砗磲进行DNA分析以准确的区分不同的砗磲种类，采用RAPD分子标记技术可以更好地区分两种不同砗磲。