根据《碳排放证书管理办法》，如果机构在申请碳排放证书时提交了虚假信息或者未按照确定的申请条件为企业进行碳排放证书申请，则将不予受理。因此，机构办的碳排放证书费用是不能退还的。此外，吊销、撤销或者有效期届满后失效的碳排放证书，相应的碳排放证书发行费用也不予退还。碳排放证书是政府采取市场机制的贸易方式，它的交易及使用有助于控制和减少碳排放，减少对环境的影响，维护全球气候系统的安全和稳定。