企业通过管理信息系统可以降低成本的方法包括：自动化业务流程、有效的库存管理、更好的供应链管理、优化人力资源管理、减少人工错误和减少纸质文件处理等。这些方法可以提高生产效率、降低人工和纸质文件处理成本，同时也可以减少库存和供应链管理成本。