深圳地铁12号线在前往世界之窗的过程中，经过了2号线的科学馆站，因此乘客可以在科学馆站进行换乘。此外，科学馆站还与11号线换乘，方便乘客前往深圳湾口岸和福田口岸。这样的换乘设计旨在方便乘客出行，缓解城市交通压力。深圳地铁的换乘设计通常都非常便捷，乘客只需要按照指示牌进行换乘即可，即使是第一次乘坐也不会感到困惑。