命令文件和函数文件是在MATLAB中编写脚本或函数的两种不同方式。它们的主要区别如下：调用方式不同：命令文件可以像命令一样在命令窗口中直接调用，而函数文件则需要通过函数名调用。输入输出参数不同：在函数文件中，可以定义输入参数和输出参数，而在命令文件中则没有输入输出参数概念。内容不同：命令文件一般用于完成一些简单的操作，如定义变量、调用函数等。而函数文件则是用来完成一些更加复杂的任务，可以包括多个语句和算法。文件名不同：函数文件的文件名必须与函数名相同，而命令文件的文件名可以随意定义。文件头信息不同：函数文件需要在文件头部添加函数说明和输入输出参数说明等信息，而命令文件则不需要。